Endogena processer är processer som sker inom ett system eller ekosystem och som påverkar dess utveckling. Endogena processer är ofta orsakade av interaktionerna mellan olika faktorer inom systemet, som kan vara naturliga eller mänskliga, och som påverkar systemets egenskaper. Endogena processer är en viktig del av ett fungerande ekosystem och kan omfatta såväl biologiska som fysiska processer.
Ett exempel på endogena processer är den naturliga utvecklingen av ett ekosystem som sker över tid. När faktorer som klimatförändringar, försurning eller övergödning inträffar, så kommer det att påverka ekosystemets dynamik. Detta kan leda till att nya arter introduceras, gamla arter försvinner eller att befintliga arter får nya beteendemönster.
Andra exempel på endogena processer är försurning, eutrofiering och övergödning av sjöar och hav. När människor tillför näringsämnen till sjöar och hav, som fosfor och kväve, så kan det leda till att alger och andra växt- och djurarter ökar i antal. Det kan i sin tur leda till näringsberoende arter, som fiskar, som följer med.
Ett exempel på endogena processer i Sverige är den ökande förekomsten av alger i vissa sjöar. Detta beror på övergödning som orsakats av mänskliga aktiviteter, som skötsel av betesmarker och intensiv jordbruksproduktion. Övergödningen har lett till att algblomningar ökat i antal, vilket i sin tur har påverkat ekosystemets dynamik. Det har lett till att vissa fiskarter har blivit mer dominerande, medan andra har försvunnit.
