FASTA, som inrättades under de tidiga åren av bioinformatik, har blivit en oumbärlig del av gen- och proteinsekvensanalyser. Det är ett textbaserat format för att representera både nukleotidsekvenser och proteinsekvenser, där baser eller aminosyror representeras av enkla bokstavskoder. En FASTA-fil inleds med en enradbeskrivning som kallas ”header”, följt av sekvenser av nukleotider eller aminosyror. Således hjälper det till att organisera den biologiska data när forskare konfronteras med flera sekvenser, och tillhandahåller en strukturerad miljö för sekvensdataanalys.
Genom att presentera sekvenser i ett format som är snabbt och enkelt att läsa, möjliggör FASTA djupare analys och jämförelser mellan olika sekvensdata. Tack vare dess strukturerade format kan vetenskapsmän lätt identifera sekvenslikheter och skillnader, vilket är av grundläggande betydelse vid genetisk forskning och förståelse av evolutionär diversitet bland organismer. Detta justerar även tekniker och algoritmer för att identifiera sekvenser som är mest relevanta för en viss forskningsstudie.
Men det är viktigt att inte förväxla FASTA-formatet med FASTA-algoritmen. Även om båda är grundläggande i bioinformatik, refererar det förstnämnda till formatet för datasekvensrepresentation, medan den sistnämnda är en specifik sekvensjämförelsealgoritm. Båda är dock till stor hjälp när det kommer till att studera den genetiska variationen inom och mellan arter.
