Så fungerar Browser Extensible Data (BED)

b

Browser Extensible Data, ofta förkortat till BED, är ett flexibelt filformat som används för att lagra och dela data på internet. Ursprungligen utvecklades formatet för att hantera data inom genetik och bioinformatik, men det kan användas inom alla områden som behöver lagra data i textformat. Karaktäristiskt för BED-filer är deras enkelhet och flexibilitet, vilket gör dem lättlästa för både människor och datorer.

En BED-fil innehåller en rad för varje dataelement, och varje fält inom raden är separerad med flik (tab). De första tre fälten är obligatoriska: chrom (för kromosom), chromStart (startpositionen för kromosomen) och chromEnd (slutpositionen för kromosomen). Alla andra fält är frivilliga och kan skräddarsys för att passa de specifika behoven för den data som lagras. Det kan till exempel vara genens namn, poäng för sekvenskvalitet, riktning på DNA-strängen och mer.

Webbläsare som University of California, Santa Cruz (UCSC) Genome Browser, använder BED-formatet för att visualisera genetisk data. Användare kan ladda upp sina egna BED-filer för att generera visuella representationer av genetisk sekvensdata. Dessa kan sedan användas för att jämföra genetiska sekvenser, hitta genetiska variationer eller identifiera genetiska markörer för olika sjukdomar.

Kommentera

av Emma Smith