Uppsala universitet har en unik organisation som sträcker sig över nästan ett tusen år av utbildning och forskning. Universitetet är uppdelat i nio fakulteter – teologiska fakulteten, juridiska fakulteten, medicinska fakulteten, filosofiska fakulteten, språkvetenskapliga fakulteten, samhällsvetenskapliga fakulteten, farmaceutiska fakulteten, utbildningsvetenskapliga fakulteten och teknisk-naturvetenskapliga fakulteten. Var och en av dessa fakulteter har i sin tur institutioner och avdelningar som ansvarar för forskningen inom sitt specifika område.
Universitetsstyrelsen är högsta beslutsorgan och ansvarar för övergripande frågor om universitetets organisation och utveckling, medan rektorn är universitetets högsta representant och beslutsfattare i frågor som inte delegeras till någon annan. För att likväl säkerställa att studenterna har möjlighet att påverka sin utbildning, har universitetet studentrepresentanter i de flesta beslutsorgan.
Finansieringen av Uppsala universitet kommer huvudsakligen från staten, men en betydande del kommer också från externa forskningsanslag. Detta gör att universitetet, trots sitt historiska arv, kan hålla sig i framkant genom ständig forskning och innovation.
